Виды днк в природе

Жизнь молекул ДНК

Ссылка для цитирования: Сазонов В.Ф. Жизнь молекул ДНК [Электронный ресурс] // Кинезиолог, 2009-2022: [сайт]. Дата обновления: 17.10.2022. URL: https://kineziolog.su/content/zhizn-molekul-dnk (дата обращения: __.__.20__). _________________Жизнь молекул ДНК — это раздел молекулярной биологии, изучающий строение, функционирование и поведение молекул ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) в процессе жизнедеятельности организмов и биологических систем.

Жизнь ДНК (дезоксирибонуклеиновых кислот)

Определение понятия «ДНК»

Ген — это совокупность сегментов ДНК, обуславливающих образование либо молекулы РНК, либо белкового продукта (Сингер М., Берг П., 1998).

У человека около 30000 генов. Во всём объёме ДНК структурные гены (т.е. те, которые кодируют белки, идущие на построение стуктур организма) занимают лишь 3-10%.

Наименьшая функциональная единица ДНК состоит из следующих элементов: структурный ген, регуляторные зоны, регуляторные гены.

Строение молекулы ДНК

Молекулы ДНК имеют вид длинных двойных цепей полимеров – полинуклеотидов, состоящих из мономеров – нуклеотидов. Двойная цепь закручена в спираль. Поэтому ДНК похожа на винтовую лестницу (посмотрите на рисунок вверху). Каждый нуклеотид включает одно из четырех азотистых оснований – аденин (А), гуанин (Г), цитозин (Ц) или тимин (Т), одну молекулу пентозы (пятиуглеродный сахар) и один остаток фосфорной кислоты. Обычно молекула ДНК состоит из двух комплементарных нитей, которые образуют двойную спираль. При этом аденин одной нити находится в паре с тимином другой (стабилизируется двумя водородными связями), а гуанин аналогично связан с цитозином (тремя водородными связями). Последовательность азотистых оснований в молекуле ДНК несет информацию, необходимую для синтеза белков. ДНК — очень длинные молекулы, состоящие из множества нуклеотидов. Например, геном человека состоит из 46 хромосом, основу которых составляют молекулы ДНК, которые в совокупности собраны примерно из 3 млрд нуклеотидны пар.

У эукариот генетический материал находится в ядре клетки в хромосомах. Хромосомы в активном состоянии существуют в виде хроматина. Хроматин содержит около 40% ДНК, 40% гистонов (щелочных белков), около 20% негистоновых хромосомных белков и немного РНК.

Видео: Строение ДНК

Видео: Строение хромосомы

ДНК мы можем отнести к «живым системам», к «живым молекулам» на том основании, что они лежат в основе жизни вообще, а также обладают рядом важнейших свойств живого, в частности, способностью к размножению. ДНК насктолько самостоятельны и самодостаточны, что способны существовать даже вне клетки — в виде вирусов. В своей жизни молекулы ДНК проходят жизненные этапы, напоминающие нам жизнь более сложных биологических систем — живых организмов. Это такие этапы как рождение, созревание, работа (деятельность), размножение и «смерть».

Тема: Строение ДНК

Домашнее задание

1. Знать и уметь писать структурные формулы нуклеотидов: А, Т, Г, Ц, У.
2. Знать устройство молекул ДНК и их организацию в хромосомы.
3. Знать способы связывания нуклеотидов в ДНК по вертикали и горизонтали. Понятие о 3′-5′ связях.
4. Уметь пользоваться таблицей генетического кода для построения молекул пептидов на основе участка ДНК размером от 12 и более нуклеотидов.

Видео: Хромосомы, митоз, репликация

Этапы жизни молекулы ДНК

Рождение (репликация) — созревание (формирование хромосомы) — работа (транскрипция) — управление (регуляция) — видоизменение (мутация) — размножение (репликация) — «смерть» (деградация).

1. Репликация ДНК — рождение новой дочерней нити ДНК на родительской нити.
2. Созревание ДНК — формирование хромосомы.
3. Транскрипция ДНК — работа ДНК в виде матричного синтеза на ней РНК.
4. Регуляция транскрипции — управление деятельностью ДНК по транскрипции.
5. Репарация ДНК — восстановление повреждённых участков.
6. Изменения структуры ДНК — мутации, транспозоны.
7. Деградация ДНК — разрушение при каждом цикле репликации.

1. Рождение — репликация

ДНК рождается с помощью воппроизводства на материнской молекуле двух её точных копий — двух дочерних молекул ДНК. Воспроизводство ДНК называется репликаця (=редупликация).

При рождении новой ДНК происходит: 1. Что? 2. Где? 3. Когда? 4. Как?

1. Репликация (удвоение молекулы). Двойная цепь ДНК на каждой своей цепи достраивает новую цепь — получается 4 цепи вместо 2-х и 2 молекулы ДНК вместо одной.

2. В ядре клетки, в митохондриях, в пластидах.

3. В интерфазу, в её синтетическом периоде S.

4. Путём матричного синтеза (синтеза по образцу, по шаблону, на матрице).

Сам процесс репликации ДНК проходит очень просто, на счёт «раз, два, три», то есть в три этапа: 1) инициация, 2) элонгация, 3) терминация.

1. Инициация — начинание

Мишень для запуска репликации

Репликация огромной молекулы ДНК начинается с возникновения репликативной точки. Эта точка имеет специфическую последовательность богатую парами А-Т. Такие учкастки в ДНК как раз и являются мишенями для белков, инициирующих репликацию. Именно к ним присоединяются специальные распознающие белки, которые обеспечивают присоединение ферментов репликации хеликазы и топоизомеразы (гиразы) и таким образом запускают процесс репликации. Хеликаза расплетает ДНК на две цепи. Образуется репликативная вилка. Молекула ДНК жестко закреплена на ядерном матриксе и не может свободно вращаться при расплетании какого-либо участка. Это блокирует продвижение хеликазы по цепи. Топоизомераза надрезает нити ДНК и снимает структурное напряжение.
В одной репликативной вилке действуют две хеликазы, которые движутся в противоположных направлениях. Разделенные цепи фиксируются ДНК- связывающими белками. Участки формирования репликативной вилки называются «точками ori» (origin — начало). У эукариот одновременно образуется тысячи таких вилок, что обеспечивает высокую скорость репликации.

2. Элонгация — продолжение (удлиннение)

Наращивание дочерних цепей ДНК на двух родительских цепях происходит неодинаково. ДНК- полимераза III прокариот и δ- или α-ДНК-полимеразы эукариот могут осуществлять синтез новой цепи ДНК лишь в направлении 5’>3’, т.к. могут присоединить новый нуклеотид только к углероду в положении 3’, но не в положении 5’.

Цепь с такой направленностью называется лидирующей. На ней синтез дочерней нити ДНК идёт непрерывно. ДНК-полимераза III или δ-полимераза непрерывно присоединяют к ней комплементарные нуклеотиды.

Цепь с полярностью 3’>5’ является отстающей и достраивается по частям (также в направлении 5’>3’). α-ДНК-полимераза (или ДНК-полимераза III) синтезирует на этой цепи короткие участки — фрагменты Оказаки.

Синтез фрагментов Оказаки и лидирующей цепи начинается с образования РНК-праймеров (затравок) длиной 10-15 рибонуклеотидов ферментом праймазой (РНК-полимеразой). Ни одна из ДНК-полимераз не способна начать синтез ДНК с нуля, а может лишь достраивать существующую цепь. Параллельно с образованием лидирующей цепи или фрагментов Оказаки происходит удаление рибонуклеотидов из праймеров и замена их нуклеотидами ДНК. Замена рибонуклеиновых участков (праймеров) на участки ДНК происходит с помощью β-ДНК-полимеразы, которая имеет как экзонуклеазную, так и полимеразную активность.

Таким образом, репликация невозможна без частичной временной транскрипции.

Скорость репликации (элонгации) ДНК составляет около 45000 нуклеотидов в минуту, таким образом, родительская вилка расплетается со скоростью 4500 об/мин. Это сопоставимо, например, со скоростью вращения охлаждающего вентилятора в компьютере (1300-4800 об/мин).

3. Терминация — завершение (окончание)

Завершение репликации происходит тогда, когда пробелы между фрагментами Оказаки заполнятся нуклеотидами (при участии ДНК-лигазы) с образованием двух непрерывных двойных цепей ДНК и когда встретятся две репликативные вилки. Затем происходит закручивание синтезированных ДНК с образованием суперспиралей.

Правильность репликации обеспечивается точным соответствием комплементарных пар оснований и действием ДНК-полимераз, которые обладают кроме полимеразной, еще и экзонуклеазной активностью и способны распознавать и исправлять ошибки. Если включается некомплементарный нуклеотид, то фермент делает шаг назад, отщепляет его и продолжает полимеразную реакцию. Поэтому процесс репликации является высокоточным.

После завершения репликации происходит метилирование ДНК в участках –GАТС- по аденину (с образованием N-метиладенина) и остаткам цитозина с образованием 5-метилцитозина. Метилирование не нарушает комплементарности цепей и является необходимым для формирования структуры хромосом и регуляции транскрипции генов.

У прокариот, таких как бактерии, ДНК способна реплицироваться, не распрямляясь в линейную молекулу, то есть оставаясь в характерной для неё кольцевой форме.

Видео: Репликация (удвоение) ДНК

2. Созревание — формирование хромосомы и хроматина

При созревании ДНК происходит: 1. Что? 2. Где? 3. Когда? 4. Как?

1. Конденсация хроматина для образования хромосом: соединение молекулы ДНК с белками-гистонами и её многократная спирализация.

2. В ядре начинается и в цитоплазме заканчивается после растворения ядерной оболочки в процессе митоза.

3. В позднюю интерфазу, профазу и метафазу митоза. Профаза длится менее 15 минут у теплокровных животных и несколько часов у холоднокровных.

4. Происходит конденсация (спирализация) хромосом [лат. condensatio — уплотнение, сгущение; греч. chroma — цвет, окраска и soma — тело] — процесс компактизации (уплотнения) хромосом, начинающийся ещё в интерфазе и достигающий максимума в метафазе. В основе конденсации хромосом. лежат сложные процессы скручивания (упаковки) хроматина, в которых принимают участие различные белки-гистоны.

3. Работа — транскрипция

Видео: Блокировка работы гена

4. Управление — регуляция Видео

5. Восстановление (починка) — репарация Видео

По аналогии с жизнью человека это похоже на болезнь и выздоровление. Спонтанные повреждения молекулы ДНК в живой клетке репарируются в процессе репликации или приводят к гибели и элиминации клетки, имеющей такую повреждённую ДНК.

6. Видоизменение — мутация. Видео

7. «Смерть» — деградация при репликации и апоптозе.

Многие ДНК-падимфазы (ДНКП) помимо фунмшк синтеза ДНК обладают рядом дополнительных активностей. Все ДНКП способны осуществлять пирофосфоролиз — реакцию обратную полимеризации. Кроме того, у многих полимераэ имеется отдельный эхзоиуклсазный активный центр, осуществляющий 3’—*5′-экзонуклеазную реакцию. Подобная активность описана дм прокариопгческих ДНКП Г типа (Joyce and Steitz, 1994) ж эукариотических ДНКП 8, а, и Ç (полимерам а обладает такой активностью лишь у некоторых видов) (Михайлов, 1999). ДНКП I прокариот обладают также дополнительной 5*—»З’-экзовуклеазной активностью, осуществляемой отдельным активным центром. (https://earthpapers.net/nukleotid-zavisimaya-degradatsiya-nukleinovyh-ki. )

telomeraza_slide-3-696×522.jpg

Теломераза – фермент, достраивающий теломерные участки, расположенные на концах хромосом. Он имеет собственную РНК-матрицу, за счёт которой может считывать последовательность нуклеотидов ДНК.

Видео: Действие теломеразы

Сохранность ДНК в природе

Учёные выделили 158 образцов ДНК из трубчатых костей птиц моа, которые давно уже были истреблены в Новой Зеландии. Затем они определили их возраст и исследовали зависимость степени деградации ДНК от длительности её хранения. Оказалось, что половина находящейся в таких условиях ДНК разрушается в течение 521 года. После 1000 лет хранения остается около четверти исходной нуклеиновой кислоты, после 1500 лет — одна восьмая и так далее.

Источник